こんなことがありました。
コリジョンのインスペクターに Shape > Resource > Local to Scene という項目(fig.1)があります。
これを"True"にするとシーンで同じコリジョンを生成したときにが独立したものになるようです。
fig.1 Local to Scene
次の画像(fig.2)は、ため打ちで当たり判定（水色の円）の大きさが変わるショットを打った時です。
Local to Scene が"false"のとき、先に撃ったショットの判定の大きさが後から撃った判定が小さいショットと同じになってしまっています。
これを"True"にすると大きさがショットごとに異なっています。
fig.2 コリジョンの大きさの違い（クリックで拡大）
また、ショットを打つスクリプトはfig.3のとおりです。
fig.3 スクリプト（一部）
今回はここまでですが、なにかの参考になれば幸いです。
最後までお読みいただきありがとうございました。